福建博物院坐落于西湖公园，新馆于2002年10月建成，占地面积6公顷，建筑面积3.6万平方米。主体建筑是数个具有福建文化特色元素的集合：富有福建民居特色的几字形屋顶，体现“闽”字内涵的图腾柱，汇集大中国文物精华的浮雕墙体，模拟福建土楼风格的自然馆建筑，扩散水纹状的主体建筑广场。这些元素结合福建博物院三面环水的地理位置，既体现了福建的民俗风情和扬帆远行的发展愿景，也体现了水意象在中国文化中的和谐蕴涵；在学科层面来讲，体现了各学科融合撑起的博物馆事业发展的寓意。 整个建筑共投资2.7亿元，包括地下一层、地上三层。建筑采用惠安粉红麻石材，质地和建筑外形设计贴合完美，共同烘托出博物院的典雅氛围。除了设计理念上的创新，新馆还加强了功能的拓展，集展览、教育、科研功能于一体。新馆展览面积1.5万平方米，共有15个展厅，其中有包括“福建古代文明之光”、 “福建古代外销瓷”、“福建戏曲大观”、“工艺藏珍”、“馆藏书画精品陈列”、“恐龙世界”、“动物万象”等7个基本陈列展厅和6个临时展厅。此外新馆还设有贵宾厅、会议室、具备六声道同声传译且可放映投射电视可容纳345人的多功能学术报告厅和影象厅。
    新馆在科研方面也较为重视，福建博物院文物保护中心成立于2005年，下设“文物科技保护室”、“文物修复技术室”、“古建筑保护设计室”，集中了该院文物保护科研技术力量，可负责全省馆藏文物、考古发掘出土文物、沿海出水文物、文物保护单位的保护修复工作，同时也开展各类文物保护修复科研课题的研究。
    另外，作为沿海城市内的国家一级博物馆，福建博物院的水下考古力量在全国也有着较大的影响。福建平潭大连岛沉船遗址的发掘和相关文物的出水就是这支队伍力量和技术的一次集中展示。
    2008年3月免费开放以来，福建博物院面临着重大的发展机遇，也面临着众多的困难和挑战，但是坚持走精品路线、打造具有影响力的文化品牌是福建博物院努力方向。在国家和福建省各级领导的关怀和支持下，在文化发展环境日益改善的条件下，福建博物院学术研究不断拓深，发挥海西地域优势，逐步走出国门走向国际，谋求更新更快的发展。