菏泽市博物馆是我市唯一的国家三级博物馆，位于菏泽市华英路537号，占地面积13000平方米，建筑面积4000多平方米，展厅面积2000多平方米，是山东省爱国主义教育基地、菏泽市爱国主义教育基地，山东省科普教育基地、菏泽市科普教育基地，菏泽市文明单位。 
　　菏泽市博物馆的前身是1967年成立的菏泽地区毛泽东思想展览馆，1972年更名为菏泽地区展览馆。1980年6月菏泽地区展览馆与菏泽地区文物管理站合并遂更名为菏泽地区文展馆，1985年又更名为菏泽地区博物馆。1991年12月菏泽地区博物馆选址建设新馆，并于1996年4月竣工开馆。2000年菏泽地区撤地改市，菏泽地区博物馆更名为菏泽市博物馆。 菏泽市博物馆馆藏文物近万件，像晚商饕餮纹青铜宰甫卣、元青花龙纹梅瓶、元青花鱼藻纹高足碗、元青花花鸟纹花口盘、元白地褐彩龙凤纹罐、元卵白釉云龙纹高足杯、钧瓷盏托、元龙泉窑青釉八宝纹盘、元代木质内河船、犀角杯、唐寅《山居对弈图》、李古希《柳燕图》等都是十分珍贵的文物精品。 菏泽市博物馆内设五个展厅。《馆藏精品陈列》精选文物100多件，再现了菏泽源远流长、光辉灿烂的历史文化。《元代沉船出土文物陈列》展出了元代沉船出土文物120多件，重现了菏泽古代发达的河运文化和多彩的元代社会生活。《元代古船陈列》展示了气势恢宏的元代木质内河船，详细介绍了元代沉船出土始末、发掘出土的精美文物和元代木质内河船初步研究成果。配合市政府重大活动和重要节庆日活动，除了搞好春季菏泽国际牡丹花会和秋季林交会系列书画展览外，本馆还通过临时性展览积极进行政治宣传、文化宣传和科普宣传。它承办的《科学发展观大型图片展》、《珍惜权利——预防职务犯罪大型图片展》在社会上引起强烈关注；《“牡丹杯”全国名家书画展》是菏泽市保留文化项目常年举办，《“暑假里的笑”——全市少儿书画展》、《预防网瘾·健康成长挂图展》等受到全市少年儿童的热烈欢迎。 2000年以来，特别是开展免费开放工作以来，我馆励精图治，不断完善基础设施，加强综合管理，提升服务水平，先后举办各类展览380多个，接待国内外观众180多万人次，取得了良好的社会效益。